《肿瘤信息学》资源贴：在公共数据基础上利用计算手段研究癌症

挖掘癌症组学数据可以解答的问题

• 癌症微环境的特征描述
• 癌症发展过程中识别关键转折事件和可能原因
• 了解氧化还原状态对癌症发展的影响
• 反复氧结合对选择更具有弹性的癌细胞的影响
• 癌症转移的触发事件
• 使用分子属性特征描述不同临床表型的癌症

癌症数据库1

转录组学数据库

NCBI GEO
Arrayexpress
SMD
CIBEX
Oncomine
ChipDB
ASTD

MicroRNA 及其靶点数据库

miRecords
miRBase
TargetScan

人类表观基因组数据库

NIHroadmp epigenomics
Human epigenome
Methy Cancer

癌症数据库2

分子通路和互作数据库

KEGG
BIOCARTA
PID
Pathguide
ReACT O M E
MSidDB

人类癌症的基因组和基因数据库

TCGA
ICGC
COSMIC
Cancer gene census
SNP500 cancer database
Breast cancer information
GAC
HGMD
dbSNP
MeRefsSNP

癌症数据库3

蛋白质学数据库

PRIDE
PeptideAtlas
Plasma Proteome Project database
GeMDBJ

代谢组学数据库

HMDB
KEGG COMPOUND
PubChemUMDB
BRENDA
SABIO-RK
RECRDB

特殊癌症相关数据库

TANTIGEN
Canvermortality database
CGEM

网络工具