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02高通量测序-ChIP-Seq简介

2021-01-13  本文已影响0人  不到7不改名

ChIP-Seq简介

注意:此StatQuest是基于对RNA-seq的介绍,所以请先观看,除非您已经完全了解RNA-seq。

为了简化,让我们用这条蓝色的线来表示染色质(但是记住它是由DNA和组蛋白组成的)。用这些大的棕色箭头表示基因。让这个绿色的圆圈代表一个允许转录的组蛋白。让这个红色的停止标记代表抑制转录的组蛋白。在细胞中,各种蛋白质都可以与DNA结合,这个芥末色的东西可能会促进这个基因的转录,这个粉红色的东西可能会抑制这个基因。我们可以使用ChIP-Seq找到!!!!ChIP-seq代表“染色质免疫沉淀结合高通量测序”它能识别基因组中蛋白质结合的位置。

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例如,我们想要识别基因组中所有被绿色的东西结合的区域。

image-20210101105920825.png image-20210101110106011.png image-20210101110602216.png

这是我们从ChIP-seq reads中创建的“轨迹”(track),很多reads都映射到下图中间地区,相对来说,只有很少的reads被映射到其他区域。下面那条“轨迹”来自一个对照实验。对照轨迹是由原始ChIP-seq实验的输入染色质组成的。而且,不需要使用抗体来富集任何特定的蛋白质,测序前把所有的蛋白质洗脱掉。然后测序,比对和转换成轨迹。

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我们使用控制轨迹来验证ChIP-seq轨迹中的高浓度reads是由于蛋白质结合在那里,而不是因为大量reads映射到一个重复区域。统计上显著的峰值通常用矩形条表示在基因组轨迹上。

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