脚本 | Shell | 基因id转换

之前在简书中看到过基因 id 转换的相关文章，没点进去，应该不是一个东西。

$ cat aaaa.sh
awk '{print $1}' $1 | sed 's/>//' | \
awk 'ARGIND==1{a[$1]=$2}ARGIND==2{if(a[$1]!="")print ">"a[$1];else print}' $2 -

$ cat cds.fa
>gene1
ATCGACCTAGCATTCAG
>gene2
CAGTACAGGGACAGTTC

$ cat id.txt
gene1 one
gene2 two

$ bash aaaa.sh cds.fa id.txt
>one
ATCGACCTAGCATTCAG
>two
CAGTACAGGGACAGTTC