2022-02-21 关于annovar列数不一致的问题.
1. 首先建立一个测试文件来看看.
模拟annovar的结果, 从这个EXCEL生成一个tab分割的txt文件. 行1是表头, 行4和行6是标准行, 行7多一列, 行1数据缺失, 行2用空格, 行5中aa和bb后面有空格.
image.png
读取结果如下:
image.png
可见pandas会自动根据最大列数读取, 空值被表示成NaN, 空格作为字符串或其一部分处理. 多出来的列会被命名为Unnamed: 8 (列号是从0开始编号).
2. 试试分行从数组中读取
import numpy as np
import pandas as pd
from pandas import DataFrame
# 建立一个数组存储每一行的列数
#col_num_df = pd.DataFrame(columns=['行','列数'])
#print(col_num_df)
# 建立一个列表存储每一行的列数
col_num_list = []
# Windows下需要以\\来表示路径
f = open("E:\\Downloads\\Book3.txt","r")
lines = f.readlines() #读取全部内容 ，并以列表方式 返回
print(type(lines))
for line in lines:
# print(line)
# 这时返回的lines是一个列表, 原表格中的每一行以一个字符串的形式作为这一列表的元素
# print(type(line))
# 使用split函数将字符串分拆成列表
# 先用'\n'做分隔符去掉末尾的换行
# 再用'\t'分割
line_list_temp = line.split('\n')[0]
print(line_list_temp)
line_list = line_list_temp.split('\t')
print(line_list)
print(type(line_list))
col_num = len(line_list)
print(col_num)
结果还是不行, 一次读取全部文件, 还是默认按照最大列数来读取的.
试一下先不读取整个数组, 逐行从文件中读取行不行.
3. 逐行读取文件
# 建立一个数组存储每一行的列数
#col_num_df = pd.DataFrame(columns=['行','列数'])
#print(col_num_df)
# 建立一个列表存储每一行的列数
col_num_list = []
# Windows下需要以\\来表示路径
for line in open("E:\\Downloads\\Book5.txt","r"):
# print(line)
# 这时返回的lines是一个列表, 原表格中的每一行以一个字符串的形式作为这一列表的元素
# print(type(line))
# 使用split函数将字符串分拆成列表
# https://blog.csdn.net/doiido/article/details/43204675
# 先用'\n'做分隔符去掉末尾的换行
# 再用'\t'分割
line_list_temp = line.split('\n')[0]
print(line_list_temp)
line_list = line_list_temp.split('\t')
print(line_list)
print(type(line_list))
col_num = len(line_list)
print(col_num)
# 这样还是不行, 一次读取全部文件, 还是默认按照最大列数来读取的.
# 逐行读取也不行
# 我添加的NaN和表格中的空值在这种操作中被处理成不同的数据.
结果还是不行, 还是按照最大的列数识别.
4. 那先不管列数了, 先看看能不能直接对每一列进行筛选.
如果最后一列没有名称, 或者列中数据类型不对的话, 应该也能实现所要的功能.
import numpy as np
import pandas as pd
# Windows下需要添加r来表示路径
file_path=r'E:\Downloads\CS_chr21_hard-filtered_freq_1E-2_anno.hg38_multianno.txt'
Book1_df = pd.read_csv(file_path, sep='\t', encoding='UTF-8')
print(Book1_df) # 打印数组
print(Book1_df.info()) # 打印数组信息
运行需要一些时间.
但是还是正确读取了.
输出结果:
sys:1: DtypeWarning: Columns (7,8,9,10,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,50,51,58,59,60,61,62,63,64,65,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,98,99,100,101,102,103,104,105,106,107,108) have mixed types.Specify dtype option on import or set low_memory=False.
Chr Start ... Otherinfo346 Otherinfo347
0 chr21 5012504 ... ./.:.:.:.:.:LowDepth:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:LowDepth:.:.:.:.
1 chr21 5030521 ... ./.:.:.:.:.:LowDepth:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:LowDepth:.:.:.:.
2 chr21 5030613 ... ./.:.:.:.:.:LowDepth:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:LowDepth:.:.:.:.
3 chr21 5030613 ... ./.:.:.:.:.:LowDepth:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:LowDepth:.:.:.:.
4 chr21 5030866 ... ./.:.:.:.:.:LowDepth:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:LowDepth:.:.:.:.
... ... ... ... ... ...
451174 chr21 46699956 ... 3/3:0,0,0,2,0:0,0,1,0:2:4:PASS:0,0,0,2,0:0,0,0... ./.:1,0,0,0,0:0,0,0,0:0:0:LowDepth;LowGQ:.:.:.:.
451175 chr21 46699956 ... 3/3:0,0,0,2,0:0,0,1,0:2:4:PASS:0,0,0,2,0:0,0,0... ./.:1,0,0,0,0:0,0,0,0:0:0:LowDepth;LowGQ:.:.:.:.
451176 chr21 46699956 ... 3/3:0,0,0,2,0:0,0,1,0:2:4:PASS:0,0,0,2,0:0,0,0... ./.:1,0,0,0,0:0,0,0,0:0:0:LowDepth;LowGQ:.:.:.:.
451177 chr21 46699966 ... 1/1:0,2:1:2:5:PASS:0,2:0,0:43,6,0:25.763,4.762... ./.:1,0:0:0:0:LowDepth;LowGQ:.:.:.:.
451178 chr21 46699967 ... ./.:0,2:1:2:0:LowGQ:.:.:.:. ./.:1,0:0:0:0:LowDepth;LowGQ:.:.:.:.
[451179 rows x 457 columns]
<class 'pandas.core.frame.DataFrame'>
RangeIndex: 451179 entries, 0 to 451178
Columns: 457 entries, Chr to Otherinfo347
dtypes: float64(16), int64(3), object(438)
memory usage: 1.5+ GB
None
如果有多余的列, 那么这些列应该被自动命名为"Unnamed: (列数)". 这里最后一列的名称是正确的, 所以应该是没有发生数据错列的问题.
一共有457列, 类型也列出来了.
但是第一行给了一个警告, 说是有这么一大堆列是混合类型的. 查了一下, Python是分部分读取大文件的, 如果各部分之间数据类型不同, 就会报这个错误. (https://laowangblog.com/python-pandas-csv-dtypewarning-mixed-types.html)
解决方案有两个, 一个是取消节省内存的设置, 一个是指定列的数据类型, (https://www.roelpeters.be/solved-dtypewarning-columns-have-mixed-types-specify-dtype-option-on-import-or-set-low-memory-in-pandas/)
但对我来说, 两个选项都不怎么样. 取消节约内存的设置, 不仅仅只是掩耳盗铃, 更容易造成内存溢出(这是一个5.5G的文件, 读取只用了1.5G内存); 指定数据类型, 如果都指定成str, 就没法比较了.
还是应该先截取前几行, 看看到底是什么样的数据, 应该是什么类型.
5. 随机获取样本
参考:
pandas打印DataFrame的前几行、后几行样本和随机抽样
# 获取数组的前5行, 后5行和随机100行
Book1_df_head = Book1_df.head()
Book1_df_tail = Book1_df.tail()
Book1_df_sample = Book1_df.sample(n=100)
# 输出到csv文件
Book1_df_head.to_csv(r'E:\Downloads\Book1_df_head.tsv', sep='\t')
Book1_df_tail.to_csv(r'E:\Downloads\Book1_df_tail.tsv', sep='\t')
Book1_df_sample.to_csv(r'E:\Downloads\Book1_df_sample.tsv', sep='\t')
变异频率的中,gnomAD v2.1 genome中, 有些数据是用"." 表示的, 看了几个位点, 这个意思是没有覆盖到(Allele Number=0). 南亚人群数据中这样的位点比较多, 在网站上这样的位点, 频率也被计算成0, 是不对的.
例: rs150107573
在gnomAD v2.1.1 exome, EXAC, 以及其他的功能注释中, 没有值的地方保持为空单元格.
在gnomAD v2.1.1 genome中如果所有人群都没有数据, 也会保持为空单元格; 如果只有个别人群没有数据, 会像上面标'.'
总之, '.'应该被处理为NaN.
