生信猿RNA 转录组学Transcriptomics生信相关

全外显子组测序——壹.简介

2018-10-15  本文已影响11人  oddxix

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1.技术原理

在人类基因中大约有180,000个外显子,占人类全部基因组的1%,约30MB。人类基因组的蛋白编码区大约包含85%的致病突变。外显子组测序(Whole Exome Sequencing,WES)是利用探针杂交富集外显子区域的DNA 序列,然后通过高通量测序,主要识别和研究与疾病、种群进化相关的的编码区及调控区域(Untranslated Regions ,UTR)相关遗传突变的技术手段。结合大量公共数据库提供的外显子组数据,有利于更好地解释变异之间的关联和疾病的致病机理。

捕获效率捕获区间会对外显子组测序技术产生影响。捕获效率是指目标区域外显子占探针实际捕获道德区域大小的比例,此数据是评价试剂盒效率的重要指标。如果试剂盒的捕获效率很低,探针会捕获到很多外显子以外的区域,导致测序数据的浪费。

目前市场上外显子捕获试剂盒有很多款,主要以Aglent公司的SureSelect,IIIumina公司的Nextera和Roche的NimbleGen为主,另外还有Life的lon AmpliSeqTM Exome Kit. 然而,每款试剂盒都不能完全捕获所有的外显子,即使是几款试剂盒组合使用。以下是市场上常见的外显子捕获试剂盒各项指标的介绍:

国际主流外显子捕获平台为Agilent SureSelect XT(单样本捕获)和Nimble GenSeqCap EZ(多样本捕获)。15年《Nucleic Acid Research 》 刊登的瑞士心血管遗传和基因诊断中心的一项研究表明:Agilent SureSelect XT在Mapping、覆盖率、SNP检出的准确性以及捕获效率方面均为最优,部分结果展示如图:

2.技术平台

3.实验流程

标准信息分析:

4.个性化信息分析

5.技术特点及应用领域

技术优势

1.高性价比:与全基因组相比,人全外显子组测序覆盖深度更深,数据准确度更高,更加经济高效

2.高测序深度:测序深度可以到达120x以上

3.高通量:满足大量样本多个目标区域的研究

4.高精确度:测序覆盖深度深,数据准确性高且高效

常见问题

参考文献

  1. 高通量测序与大数据分析-医学篇-人类基因组研究.pdf

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简书作者:oddxix

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