2023-07-05 根据多个指定位置提取vcf子集(实现过滤点

2023-07-04  本文已影响0人  AsuraPrince

1.制作保留区间bed文件

2.利用bedtools根据bed文件提取落在区间内的SNPs。

bedtools intersect -a myfile.vcf.gz -b mutil-region.bed -header > output.vcf

其他资料也提供了一些其他提取方法(没仔细研究):

https://www.cnblogs.com/miyuanbiotech/p/14530891.html

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