2021-01-15 基因组注释文件gff3转 gtf格式
2021-01-15 本文已影响0人
小郑的学习笔记
这个其实在服务器联网的状态下，操作起来十分简单
首先给服务器安装conda
然后用conda安装gffread
conda install -c bioconda gffread
安装好之后，一条命令搞定
gffread HC.gff3 -T -o HC.gtf
反过来也可以
gffread HC.gtf -o HC.gff3
如果没有linux系统，那么可以采用biopython
详见：
https://cloud.tencent.com/developer/article/1727772
pip install bioinfokit
>>> from bioinfokit.analys import gff
>>> gff.gff_to_gtf(file="Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gff3")
服务器联网很重要
