18.PPI制作（1）

大家好，今天开始新的内容，蛋白-蛋白互作网络（PPI），这里我会更3种方式完成PPI，分别是：string在线制作，Cytoscape软件、R供大家选择哦。

因为string在线做的图比较丑（比如今天的图），在PPI实际制作中，大家可以用string结合Cytoscape一起做。

今天我们示例用前面分析出来的DEGs做PPI，首先找到我们差异分析中的差异基因，也就是之前保存的diff表格

66个差异基因

如果有小伙伴的表格中没有前面那一列，是因为你当时保存的时候没有保存基因名字哈，那把保存的R环境打开，再重新保存一边就行了（第13章中的内容，如下图标红的代码所示一样的道理，保存diff变量），如果没保存R文件的，就只有重新跑一遍差异基因哦。

打开string在线网站https://cn.string-db.org/

网站首页

点击SEARCH，进入搜索页面，选择左侧Multiple proteins，多种蛋白

将diff种差异基因名字全部复制到List of names中（或者大家也可以用文件的方式在第二个框中输入），第三个框物种选择智人Homo sapiens.(注意：string上不超过2000个基因，格式每一行一个基因名），点击搜索。

这样网站会给出每个基因检索的结果，我们检查一下对应的蛋白名称是否正确，如果正确，在前面小方框中打√。

核对完毕后，点击continue,PPI的图形就出来了（个人认为比较丑，后期可以用Cytoscape软件调整一下），在图形的下方点击exports即输出按钮，可以选择输出的形式，第一二个为png,第二个的png质量更高。这里推荐大家把第四个tsv格式下载保存，我们下一章将用这个tsv的文件在Cytoscape中美化及计算。

这下面有几个功能菜单，我们可以通过Viewers看到目前展示的是网络

在Legend说明菜单中，我们可以看到节点和连线、蛋白的注释信息。

比如白色中间没有结构球的图代表蛋白3D结构不清楚

在setting设置页面，就可以对结果进行调整，比如我们minimum required interaction score置信度选择的0.4，可以将其调整的更高，让图形更加紧凑

在Analysis分析页面，可以看到整个网络的连线数（边），节点、GO KEGG等信息

在clusters可以做聚类，这里我们用K值聚类展示一下：

也可以用more/less按钮增加或者减少网络中的蛋白。（像我这个网络中，离散的蛋白（没有任何连线）比较多，证明这些蛋白与其他蛋白之间的互作关系不太大）

OK，string制作PPI网络图就完成了，下一章是Cytoscape软件继续做美化以及根据各种算法选择hub基因/蛋白。