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批量下载转换植物类基因的序列、编号

2019-03-25  本文已影响4人  chaimol

因为各种植物都需要进行基因编号转换,各种编号之间对应关系如何呢?最无奈的时候,我写爬虫爬NCBI,现在不用爬虫了。两个工具解决这个问题。

  1. https://warwick.ac.uk/fac/sci/moac/people/students/peter_cock/python/genbank/
    此工具,暂时没有研究。
  2. ensembl各种工具都有

---正文开始---
使用的是 ensembl.gramene的biomart
有对应的视频教程。见上面的链接。
快速使用:
选择plant gene60 > zea mays

image.png

点击filter,选择gene > maizegdb数据 >选择对应格式>上传csv文件


deg.csv

csv格式如上图所示。最多500个基因。


image.png

点击左侧栏目Attributes,>feature>选中geneid,trans,根据需要选择对应选项。


image.png

点击左上角,result.


image.png
选择文件>csv>go
生产mart_export.txt,即为对应的转换结果。
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