转录组组装软件：Trinity (转载)

Trinity是由 the Broad Institute 开发的转录组denovo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm, Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。

Trinity的简要工作流程

1. Inchworm

将RNA-seq的原始reads数据组装成Unique序列；

★｛unique sequences，也就是contigs｝

2. Chrysalis

将上一步生成的contigs聚类，然后对每个components构建deBruijn图；

3. Butterfly

处理这些deBruijn图，依据图中reads和成对的reads来寻找路径，从而得到具有可变剪接的全长转录子，同时将旁系同源基因的转录子分开。

参考下面链接对Trinity原理做一个详细的介绍

https://www.jianshu.com/p/c457bcb57c2b