富集分析的方法还是有几种的，到底哪些合适自己文章的分析方法，做个参考文章记录。

1、Single-cell RNA sequencing reveals the sustained immune cell dysfunction in the pathogenesis of sepsis secondary to bacterial pneumonia

文献学习008--[sc]两篇PBMC单细胞文献阅读 - 简书 (jianshu.com)

用的是hallmark gene sets
急性期、稳定期和恢复期分别和HC相比的差异基因的通路富集。差异基因是用Seurat用的FindMarker()做的，GSEA通路富集（significant hallmark gene sets）。P < 0.05的通路为显著富集。结果提示和HC相比，病程三个时间点都出现了IFN-r反应的上调。此外急性期和恢复期还出现了NFkB介导的TNFa通路的上调。

为了探究这两个在病程中持续存在的通路活化是哪种细胞介导的，做了三种免疫细胞群的GSEA通路富集。发现NK/T细胞在病程中所有阶段都出现了IFN-r反应上调，而髓系细胞在急性和恢复期出现了NFkB介导的TNFa信号通路反应上调（和图ABC对应）

2、单细胞转录组学揭示败血症驱动的外周血单核细胞的改变Single-cell transcriptomics reveals the alteration of peripheral blood mononuclear cells driven by sepsis.

单细胞文献-7 单细胞转录组学揭示败血症驱动的外周血单核细胞的改变 - 简书 (jianshu.com)

为了评估正常和败血性T细胞(总共分了三大群)之间的独特生物学特性，作者进行了GSVA分析标志信号通路。也是用的 hallmark gene sets 用的是t值。P value <0.05 was considered significantly different.

3、重症新冠患者外周血抗原呈递细胞单细胞测序揭示多种抗病毒免疫过程缺陷Single-cell RNA sequencing of bloodantigen-presenting cells in severe COVID-19reveals multi-process defects in antiviralimmunity

文献学习010--[sc]重症新冠患者外周血抗原呈递细胞单细胞测序揭示多种抗病毒免疫过程缺陷 - 简书 (jianshu.com)

取的是PBMC的抗原呈递细胞(APC)，富集分析就是组和剩下两组相比，这里总共三组。同样也是HALLMARK基因集做的GSEA。