Genome Studio 2.0

简介

可直观地查看并分析Illumina芯片平台上生成的数据。
GenomeStudio2.0数据分析软件支持不同的分析：

        Genotyping
        Gene Expression
        Methylation
        Polyploid Genotyping

最小系统需求

注：（1）软件分析是不需要网络的。（2）Mac OSX 是不支持的。

下载安装

链接：https://support.illumina.com/array/array_software/genomestudio/downloads.html
安装：windows下双击安装
注意：首次使用需要账号密码

芯片数据分析流程

芯片相关文件解释

芯片数据分析具体操作

Genome Studio 界面介绍

（1）极坐标系，支教坐标系， 标准化，大点，小点，复制，上色，鼠标，小手，圈选，放大，坐标轴转换

（2）全选，复制，输出文件，输入文件，排序，折线图，直方图，箱式图，条形图，扇形图，热图，新建列，添加列，过滤，清楚过滤，锁定，解锁，定位，插入数据跟踪列。

（3）CallRate值，平均Call Rate期望>99%
Call Rate = num(Call Score >0.15)/num(snp)；

改变Call Score（默认0.15）的阈值可以改变Call Rate

Genome Studio报告生成

一般可提供结果

Illumina Genome Viewer （IGV）

参考资料：

Illumina官网：https://www.illumina.com.cn/
Genome Studio 插件：https://www.illumina.com.cn/techniques/microarrays/array-data-analysis-experimental-design/genomestudio/plug-ins.html