R语言绘制箱线图分面并添加文本注释（基础知识）

hello，大家好，今天分享一个简单的内容，我们实现下面的这张图

图片.png

参考文献在

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这张图实现的箱线图，分面并注释，好看的图胜过千言万语，我们来实现它。

嵌套分面已经有集成的R包了，ggh4x包，学习一下即可。

加载R包和数据

library(ggh4x)
library(ggplot2)
library(reshape2)
library(tidyverse)
####示例数据可以从文献链接处下载
input = read.delim('示例数据'，header = T)
head（input,3）

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###宽转长
df  = melt(input,id.vars = c('Precursor','Dataset','Model'))
head(df,3)

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###因子化排序
df$Model  = factor(df$Model,levels = c('DeepPhospho','pDeep2','DeepMS2','MS2PIP'))

设置嵌套背景

设置一下填充色和边框颜色

###背景
strip = strip_nested(background_x = elem_list_rect(fill = c(rep('grey',2),
rep(c('#F58840','#9AE66E'),2)),color = rep('white',6)))

基础绘图

这里使用expansion来扩展x轴，防止插入每个分面图最后一列文字跑出去：

###绘图
p = ggplot(df,aes(x = Model,y = value,fill = Model)) +
##误差线
stat_boxplot(aes(x = Model,y = value),
        geom = 'errorbar',width = 0.3) +
###箱线图层
geom_boxplot(outlier.shape = NA ， width = 0.5 ） +
theme_bw(base_size = 16) +
##主题调整
theme(panel.grid = element_blank(),
           axis.text.x = element_blank(),
           axis.ticks.x = element_blank(),
           legend.position = 'bottom')   +
xlab('')  +  ylab('')  +
ylim(-0.5,1)  +
##自定义颜色
scale_fill_manual(values = c('#BFA2DB','#F58840','#CDF2CA','#9D9D9D'),
                     name = ' ')  +
##x轴扩展
scale_x_discrete(expand = expansion（mult = c(0.2,0.3)）)   +
###嵌套分面
facet_nested(~Dataset  +  variable,scales = 'free_y',axes = 'all',
          strip  = strip)
p

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统计数据

图中的文本注释为每个分组的数据的中位数及对应的数量，我们需要统计一下：

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循环统计

fin = list()
for (i in names(table(df$Model))){
   tmp1 = df %>% filter(Model == i)
   for (j in names(table(df$variable))){
      tmp2 = tmp1 %>% filter(Dataset  == k)
      res = round(median(tmp3$value,na.rm = T),digits =  3)
      n = round(length(tmp3$value),digits = 0)
      fin[[paste(i,j,k,sep = '  ')]]  <- c(n,res)
      }
   }
}
##整合数据
fin_res= fin %>% do.call('rbind',.)  %>% dara.frame()
###查看数据
head(fin_res,3)

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接下来添加分组变量及标签的x,y坐标：

###x坐标
fin_res$x = c(rep(1.5,4),rep(2.5,4),rep(3.5,4),rep(4.5,4))
###y坐标
fin_res$y= 0.65
#添加标签
fin_res$label = paste(fin_res$X2,"| n = ",fin_res$X1 , sep = '')

#添加变量
fin_res$Model = rep(names(table(fin_res$Model)),each = 4)
fin_res$variable = rep(c('PCC','PCC','SA','SA'),4)
fin_res$Dataset = rep(c('RPE1 DDA','RPE1 DIA'),8)

#查看数据
head(fin_res,3)

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添加标签

p +
   geom_text(data = fin_res,
                     aes(x = x , y = y,label = label),
                     ##文本的角度及大小
                     angle = 90， size = 4 )

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