组装

GetOrganelle主要用于组装各种质体（叶绿体、线粒体）GetOrganelle github 可以使用二代/三代数据
MitoFinder 用于组装、注释线粒体基因组 可以使用二代/三代数据，或已经组装好的基因组里获取线粒体的reads.
NOVOPlasty 组装叶绿体或线粒体 貌似只支持二代数据

注释

geseq 细胞器基因组注释工具
chloe 细胞器基因组注释工具

可视化

Chloroplot 细胞器基因组可视化工具
IRscope 叶绿体基因组连接位点和边界区域基因可视化工具