NCBI-cdd保守结构域预测
2021-12-17 本文已影响0人
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利用NCBI当中的CD-search工具预测基因的保守结构域
搜索鉴定基因的保守结构域，应该用专门搜索基因的保守结构域工具CD-search，而不是简单的用blast搜索注释。快速找到这个基因上的保守结构域，对研究基因的功能是非常重要的，因为行驶相同相近功能的基因往往具有相同的保守结构域！
1.CDD入口：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd/，该工具为NCBI提供的，NCBI主页选项口选择进入Conserved Domain然后点击Search。
然后选择CD-search（单个基因），或者Batch CD-Search（多个基因）。
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2.预测单条序列的保守结构域，点击CD-search进入：
粘贴基因的蛋白序列，或者是核酸序列都可以，注意为fasta序列，如果你知道基因的GI或Accession号，也可以直接数据这些ID就可以查询，右方OPTIONS中选择要搜索的数据库，Expect Value等，或者使用默认设置，然后按“提交”按钮。就可以搜索了；
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3.结果查看，默认为concise 简洁显示，可以选择full result显示全部内容：
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搜索匹配结果，有特定匹配（specific hits），非特定匹配(non-specific hits)，这些匹配所属的超家族(superfamily)，我们发现这个基因特定匹配在dnak，属于HSP70超级家族；
4.批量提交序列搜索保守结构域，Batch CD-Search，如下：：
可选择直接粘贴多序列的fasta格式文件，或者提交fasta格式的文件，然后选择数据库，如果数据较大搜索时间很久，可填写email，搜索完成之后会发邮寄，最后点击submit提交就可以搜索了：
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5.批量搜索结果展示：
批量搜索结果如下，只展示部分结果，详细结果可点击download进行下载（记得勾选full，下载全部结构域信息），或者点击Browse results 进行详细的可视化浏览；
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表格结果说明如下：
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6.批量搜索结果，可视化浏览界面：
可以选中，然后浏览，下载等：
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