甲基化测序 （WGBS/RRBS/TBS）的去重（de-dupl

关于测序数据去重问题网上有很多大神的分析，我就不滥竽充数了，我挑取了几篇比较好的文章:

第二代测序原理的详细解析！
高通量测序之duplicated reads
试论NGS数据的Duplication问题
如何去除二代测序数据中的PCR duplication才科学？

对于甲基化测序来说，主要根据建库的不同来看是否需要去重：

• 全基因组甲基化测序（WGBS）：跟普通测序一样，需要去重
• 简并代表性甲基化测序（RRBS）：由于酶切位点是固定，自然会产生较多的重复片段，因此不需去重
• 靶向甲基化测序（TBS）：属于扩增子测序，因为片段几乎都是由母链扩增出来的，同一区域会扩增出来许多相同的扩增子，只要控制PCR过程不产生较大的bias就没有问题，因此也不必去重。