基因注释工具GeMoMa

帮助文档

http://www.jstacs.de/index.php/GeMoMa

安装可以直接使用conda

我本来想直接安装在一个已经有的环境里，提示需要python3.7以上

我就新建了一个环境

conda create -n genomeAnnotation

安装

conda activate genomeAnnotation
conda install -c bioconda gemoma  

安装成功

这种安装方式使用软件的方法是

 GeMoMa GeMoMaPipeline

或者直接下载软件 帮助文档界面有下载链接
用软件下载链接里的示例数据试试

java -jar GeMoMa-1.9.jar CLI GeMoMaPipeline threads=4 outdir=output GeMoMa.Score=ReAlign AnnotationFinalizer.r=NO o=true t=target.fa  a=ref.gff g=ref.fa

最终输出结果

image.png

换成我自己物种的时候最开始用的是gtf文件，不知道为啥一直报错 换成gff文件就没有问题了