2022-04-09浅谈基因编辑的思考

我们实验室的师兄，早在2015年就开始了昆虫基因编辑研究，算是开展的比较早的。然而团队整体的进度相对缓慢，那些起步晚的团队都发了不少文章后，我们团队才陆续有一些功能研究的文章产出。这其中问题诸多，好在建立了一个可供应用的技术平台。
而我在研究miRNA中，利用传统的抑制剂并没有预期效果，又考虑到师兄即将毕业，就把中心开始转移到这上面，希望借助基因编辑的技术，来实现敲除miRNA的功能研究。一开始我的想法也是很简单，就是利用这个工具，来开展自己的研究，但是一路走来发现，碰到的问题也越来越多，尤其是对于编码基因的mRNA和非编码RNA问题上，这些诸多的问题，都迫使我不断的思考，开始反推技术的问题。也都是私下小规模的实验，因为我不敢汇报，这在导师的眼里，就是偏离了我的研究主战场。
其一，无意间发现，过去失败的症结就在于注射浓度。无意间提高剂量后才开始出现了突变体。后来才意识到，起初师兄们建立的平台只是证明了技术的可行性，并未对技术本身做优化，如注射的剂量等具体实验参数。
其二，过去的鉴定突变流程过于笼统，也没有针对此多深入的细致分析。所有后来就有了我总结归纳的一些列鉴定突变的流程，包括快速的DNA提取技术、突变鉴定方法、基因组SNP位点问题、突变体筛选流程等等。
过去就发现，有些sgRNA几次合成，体外切割活性居然差距颇大，我曾在笔记中写到，导致这种差异的可能原因是sgRNA的二级结构和基因组DNA的结构和碱基序列造成切的。然而并没有进一步深入思考，以及如何改善。直到后来无意间看到的Nature communication上的文章，才发现原来自己注意到的种种可能已经早在3年前发表了。并且在2021年的NC也提出了解决这些抗编辑问题的解决办法，索性试验了一下果然奏效。才恍然大悟，一味循规蹈矩，遵循之前的套路，没有关注技术本身的进步，用的都是陈旧的体系和方法（通过设定T-lock sgRNA scaffold序列，可以解决这些问题）。
再回到非编码RNA功能研究，很大区别于编码蛋白的RNA，两者是完全不同的，有些地方甚至考虑的比mRNA要更长远一些。突变mRNA序列可以导致移码突变，缺乏蛋白行使功能。但是非编码RNA照样转录加工。
……
真的是感慨万千，科研最忌讳一成不变的套路，缺乏对问题的深入思考，这个已证实的工具，在到了自己手上居然变出了如此多的待完善的地方，再一次提醒自己，做研究，要保持独立精神，探索精神，批判精神，全盘照抄是做不出成果的。只有弯下身去，洞察其中的细枝末节，才能看到更为具体的，去优化、去完善，让工具变得更加顺手，一点点的进步都是了不起的。再看当下的基因编辑研究中，无非是在这个工具的基础上做点缀优化。
只恨自己领悟晚了，进步也太慢了，半只脚已经踏出了校门了，才幡然悔悟到这些。