多组学文章思路解析2-蛋白组与外显子组测序交互分析

2021-01-19 本文已影响0人纪伟讲测序

多组学分析是指两个及以上组学，同时做数据分析。通常是同一批样本的多组学分析，常见有基因组、外显子、转录组（含非编码）、蛋白组、磷酸化组、代谢组等，也包含各类修饰组学，如DNA甲基化、m6A、蛋白的各类修饰。

近两年的高分组学文章以多组学为主，比如“21分组学文章解析公开课”（B站链接：https://www.bilibili.com/video/BV1dC4y147xu）提到的糖尿病研究，基于蛋白组学和蛋白磷酸化组学的数据关联挖掘分析挖掘胰岛素分泌障碍相关的潜在分子机制；Cancer cell结直肠癌多组学文章解读（B站链接：https://www.bilibili.com/video/BV1bf4y1X7qJ）使用外显子测序、蛋白组学、蛋白磷酸化组学对转移与非转移的结直肠进行比较，寻找差异。

上期我们讨论了蛋白组学与蛋白糖基化组学的分析，作者对癌与癌旁做差异分析，蛋白组与糖基化分别做亚型分析，糖基化与蛋白的相关性分析，找出了特定的基因。比较大的缺陷是没有对关键的蛋白做更深的机制研究，将机制深化。

蛋白组与DNA突变如何关联分析呢？蛋白来源于基因，DNA突变也来源于基因，DNA突变是否会影响蛋白的表达，蛋白组与DNA突变关联分析是什么？本研究的优点与不足有哪些，我们通过一篇胃癌的蛋白组与DNA突变的组学文章，解析二者联合分析思路。

本期我们来看蛋白组学与DNA突变的联合分析的文献。

主要讨论内容：

多组学发高水平文章的基本思路是什么？如何做关联分析？

（1）大样本的蛋白组学数据分析的一般思路是是什么？

（2）如何对疾病进行分型分析？

（3）DNA突变是否影响蛋白的表达，大样本量中怎么找DNA突变的靶标？

（4）本篇文章有什么不足，应该怎么弥补？

以下是视频录屏链接，有需要的老师可以观看。