[RepeatMask] 报错参考基因组权限问题
2020-05-22 本文已影响0人
Silver_42ac
RepeatMask 在运行中
报错：
RepeatMasker -engine rmblast -q -no_is -norna -nolow -div 40 -parallel 10 -lib lib.fa -dir $PWD ref.fa
RepeatMasker version open-4.0.9
Search Engine: NCBI/RMBLAST [ 2.9.0+ ]
Master RepeatMasker Database: /software/RepeatMasker/Libraries/RepeatMaskerLib.embl ( Complete Database: CONS-Dfam_3.0 )
Custom Repeat Library: lib.fa
Warning...unknown stuff <
>
analyzing file ref.fa
FastaDB::_cleanIndexAndCompact() - Error could not open file RM_32001.FriMay221505102020/ref.fa: Permission denied
at /software/RepeatMasker/RepeatMasker line 730.
有两个信息
Warning...unknown stuff <
#可忽略，不是问题
FastaDB::_cleanIndexAndCompact() - Error could not open file /test/RM_32001.FriMay221505102020/ref.fa: Permission denied
权限问题，后来发现是我的ref.fa 被我 chomd 444 ref.fa 过
没有写权限
导致原因：
猜测 RepeatMask 通过 类似 cp -a 命令 连带文件权限一起复制到了 RM_32001.FriMay221505102020 这个临时目录里；文件带着只读权限，无法写入这个文件所以报了Permission denied
解决方法：
给原始文件你的写权限
chmod 744 ref.fa
