【SV分析】03如何安装smartie-sv
前言
在后台小伙伴的催促下，小Q终于把拖欠了N久的第3篇SV分析--软件安装篇写完了。废话不多说。
内容目录
预安装依赖软件
1.安装Miniconda
软件说明
官网：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html
安装说明：https://conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/install/linux.html#install-linux-silent
安装步骤
1）下载安装包。
2）运行。注意你所在的服务器IP必须是联网的.
# 默认选项
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 如果为了方便，安装完conda后可以用以下命令，这样以后每次进入linux终端时会自动进入conda 虚拟环境
conda init fish
# 搜索所需软件
conda search bedtools
# 安装所需软件
# 软件名可以后面跟version，也可选择不加version
conda install bedtools=1.2
2.安装Snakemake
- 保证服务器上已经安装python
2）利用pip安装到用户自己的目录下。注意你所在的服务器IP必须是联网的.
# target: 指定安装目录
/pathon_install_path/python3.6/bin/pip install --target /your_path/Software/snakemake snakemake
# 安装完后需要将安装路径加入到PYTHONPATH
# 注意export时必须是 export VAR=***:$VAR 的形式，否则会将之前的VAR变量值清除
export PYTHONPATH=/pathon_install_path/python3.6/lib/python3.6/site-packages:/your_path/snakemake:$PYTHONPATH
export PATH=/your_path/Software/snakemake/bin:$PATH
3.安装Bedtools
安装说明：https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/installation.html
安装Smatie-sv
1.软件下载地址
https://github.com/zeeev/smartie-sv
2.安装前的注意事项
1） src目录下的 blasr和htslib 目录 均是链接，链接到github中的软件目录。所以如果采用download clone的方式，会发现src目录下的blasr和htslib 目录是空的，这样会导致在make时出错。
2）因此小Q建议使用Clone the repo的方式下载smartie-sv。
注意你所在的服务器IP必须是联网的.
git clone --recursive https://github.com/zeeev/smartie-sv.git
# 下载成功后如下：
Cloning into 'smartie-sv'...
remote: Enumerating objects: 180, done.
remote: Total 180 (delta 0), reused 0 (delta 0), pack-reused 180
Receiving objects: 100% (180/180), 1.57 MiB | 206.00 KiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (92/92), done.
Checking out files: 100% (16/16), done.
Submodule 'src/blasr' (https://github.com/mchaisso/blasr.git) registered for path 'src/blasr'
Submodule 'src/htslib' (https://github.com/samtools/htslib.git) registered for path 'src/htslib'
Cloning into 'src/blasr'...
remote: Enumerating objects: 24, done.
remote: Counting objects: 100% (24/24), done.
remote: Compressing objects: 100% (20/20), done.
remote: Total 1739 (delta 6), reused 10 (delta 4), pack-reused 1715
Receiving objects: 100% (1739/1739), 1.92 MiB | 288.00 KiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (981/981), done.
Submodule path 'src/blasr': checked out '7cc3379a99824f4c3a9a4122f04deadaee50e2f5'
Cloning into 'src/htslib'...
remote: Enumerating objects: 23, done.
remote: Counting objects: 100% (23/23), done.
remote: Compressing objects: 100% (19/19), done.
remote: Total 11655 (delta 6), reused 11 (delta 4), pack-reused 11632
Receiving objects: 100% (11655/11655), 8.57 MiB | 847.00 KiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (8241/8241), done.
Submodule path 'src/htslib': checked out '36c5c47e83078014ec62c844e0de5dae95e4a0d6'
3.如果已经安装了blasr和htslib，则跳过这一步，进入第4步
1）安装blasr
安装网址：
https://github.com/mchaisso/blasr/tree/7cc3379a99824f4c3a9a4122f04deadaee50e2f5
注意
在bin中将blasr程序链接到该目录下
2）安装htslib
注意你需要先安装以下library
libz (required)
libbz2 (required, unless configured with --disable-bz2)
liblzma (required, unless configured with --disable-lzma)
libcurl (optional, but strongly recommended)
libcrypto (optional for Amazon S3 support; not needed on MacOS)
安装网址：
https://github.com/samtools/htslib/tree/36c5c47e83078014ec62c844e0de5dae95e4a0d6
./configure # Optional, needed for choosing optional functionality
make
make install
3）删除src中的blasr和htslib，然后安装目录链接到src里，链接名为blasr和htslib
4.安装print_gaps
首先请确保你安装了blasr和htslib，并知道安装目录。
# export所需library
export LD_LIBRARY_PATH=/your_path/zlib-1.2.7:/your_path/bzip2-1.0.6:/your_path/lzmalib-0.0.1:/your_path/curl-7.28.1/lib:/your_path/openssl-1.0.1:$LD_LIBRARY_PATH
# 修改src/print_gaps文件夹下的Makefile中的信息，添加-l，把htslib需要的包都指定好
# 旧的命令是：
g++ main.cpp split.cpp ../htslib/libhts.a -I ../htslib/ -I ../htslib/htslib -lz -lpthread -o ../../bin/printgaps
# 新的命令是：
g++ main.cpp split.cpp ../htslib/libhts.a -I ../htslib/ -I ../htslib/htslib -llzma -lbz2 -lz -lm -lcurl -lcrypto -lpthread -o ../../bin/printgaps
# run完在bin中就会出现printgaps
5.设置环境变量
注意
在使用smartie-sv之前一定要设置好环境变量
export HDF5INCLUDEDIR=/your_path/hdf5/include
export HDF5LIBDIR=/your_path/hdf5/lib
export LD_LIBRARY_PATH=/your_path/hdf5/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/your_path/zlib-1.2.7:/your_path/bzip2-1.0.6:/software/biosoft/software/lzmalib-0.0.1:/your_path/curl-7.28.1/lib:/your_path/openssl-1.0.1:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/your_path/snakemake/bin:$PATH
export PYTHONPATH=/your_path/python3.6/lib/python3.6/site-packages:/your_path/Software/snakemake
撰文 & 编辑：VickieQ
校对：花毛 & HCLO4
