【粉丝作业】火山图展示ChIP-Seq peak结果
2021-09-01 本文已影响0人
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前面给大家介绍过
今天有个粉丝问了小编一个问题，他想用前面讲过的EnhancedVolcano这个R包去绘制火山图来展示ChIP-Seq peak结果。这可让小编眼前一亮，也感到相当的欣慰。学以致用，举一反三才是学习的最终目的。接下来我们来看看这位粉丝的成果吧。
数据结构如下，由于数据是这位粉丝的，我就不提供完整的数据了。只要包含下面三点内容，理论上都是可以使用EnhancedVolcano这个R包去绘制火山图。
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行名是gene名字，miRNA名字或者peak名字等等，不能有重复
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FDR，校正之后的p值
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logFC，倍数改变
接下来我们看代码
peak=read.table("controlpeak.txt",header=T,row.names="Name",sep="\t")
library(EnhancedVolcano)
EnhancedVolcano(peak,
lab = rownames(peak),
x = 'logFC',
y = 'FDR'
)
我们就能得到下面这张火山图。我们先不谈这张图是不是好看，这些都可以参考☞手把手教你绘制火山图 去调参数。我这里主要想说的是，做科研不能循规蹈矩，不能被条条框框束缚了手脚。其实我刚听到这个想法的时候也是有些诧异的，因为在我的脑海里火山图一般是用来展示差异表达分析结果的。实际上只要跳出这个盒子，更抽象的去看待EnhancedVolcano这个函数，他要求的输入就是前面说到的三点，它并不管你究竟是不是差异表达分析的结果。
参考资料：
