序列比对2

比较两个序列的方法：

1. 打点法
   
   两个序列的打点图

由打点图可以看出这两条序列中有3个相同的子序列：THEFA, AT, TCAT

除了可以用打点法给两条不同的序列打点，还可以用一条序列自己跟自己打点 ，可以找重复序列及重复次数。

与自身序列打点寻找重复序列
我们还可以快捷的发现序列中的串联重复序列以及重复的次数。我们只要数数在半个矩阵中包括主对角线在内的所有等距的平行线的个数，就可以知道重复的次数，而且最短的平行线对应的序列就是重复单元
打点法找串联重复序列

打点法在线工具：Dotlet

界面
参数

2.序列比对法

序列比对（alignment)就是运用特定的算法找出两个或者多个序列之间产生最大相似度得分的空格插入和序列排列方案

比对

这两条序列的比对就是把s和t这两个字符串上下排列起来，在某些位置插入空格，这些空格叫空位（gap）。然后依次比较它们在每一个位置上字符的匹配情况，匹配的好，这个位置就会得高分，匹配的不好，看看能不能左右错一错，或填上个空位，让附近的位置更好的匹配在一起，从而使所有位置的得分之和尽可能的高。说白了，就是通过插入空位，让上下两行中尽可能多的一致的和相似的字符对在一起。

分类

• 多序列比对
• 双序列比对
  
  • 全局比对
  • 局部比对