不怎么需要R语言的神器系列，GEO神器了解一下

作者: 白介素2

随着芯片，测序技术的发展和成熟，高通量筛选差异分析越来越popular, R语言虽好，学习不易啊。不过学界也意识到了这个问题，生物学家（临床医生）也有这方面的需求，但又缺乏生物信息背景，不断的通过将现有分析工具整合，打包，降低学习成本和使用的门槛。 如果说系统学习R语言分析流程对很多小伙伴而言成本还是太高，那今天白介素同学就再介绍一个工具，再来降低我们使用的门槛，我们只需要安装好之后，打开R****软件，复制几条代码进去，就可以 愉快的点击完成全套分析。

准备工作

安装R****软件，并打开将以下代码复制进去，Enter****键运行。

# Installation instructions: 
# 1. Install DEBrowser and its dependencies by running the lines below 
# in R or RStudio. 
 
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) 
    install.packages("BiocManager") 
BiocManager::install("debrowser") 
 
# 2. Load the library 
 
library(debrowser) 
 
# 3. Start DEBrowser 
 
startDEBrowser() 

点击的方式完成全套分析

自己准备数据格式（很重要）

准备自己的数据格式如下，包括表达文件和sample信息文件((Metadata File)。

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点击能做的分析有哪些

只要自己的数据格式准备妥当，基本上就不会出啥问题，按步就班的完成整个分析流程即可，这里由于篇幅关系就不过多的去做繁琐的点击，但是白介素同学亲测有效的，展示下能得到的结果，分析步骤。

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差异分析

可用看到左侧为调节点击处，右侧为图形，表格生成处，结果全部可用下载，并且可供交互式调节。

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火山图+热图等等

左侧可调节阈值，可展示全选区域的热图。

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GO-KEGG分析

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还有其它的一些图片就不展示了，总之只要你愿意，即使是小白也可以很快的上手，辅助自己的实验结果，做些简单的数据分析足够用了。

总结

据白介素同学的经验，要完成这套分析，要求已经非常之低了

• 安装R****软件，跟常规软件安装没啥两样，LOL****，爱奇艺会装这个就会装的

• 基本的芯片，测序知识

• 知道自己在干啥，想干啥

• 读的懂英文(大家没有不懂的)

综合考虑下，只要你有心，完成全套分析的目的实现不难，over over

说到这可能有小伙伴要问了吗？GEO倒是能做了，TCGA可咋办，不知道的就点这儿

参考资料

参考献下载地址

详细使用教程

R包的发布地址