利用UpsetR画图

对于数据集合的可视化，韦恩图（venn diagram）是一种方式，一般集合不超过5个的时候，可视化效果还是不错的；但超过5个的时候，就会显得杂乱无章。UpsetR完美地解决了这一问题，简单好用清晰易懂，这里只介绍我比较常用的参数，做个记录，供大家参考。

输入文件
不同组别下差异基因列表

输入列表

安装

install.packages(UpSetR)

使用

data <- read.csv("DEGs.csv",header=T)
setbarcolor <- c("#2e409a","#942d8d","#d75427","#006b7b","#4da0a0","#9b3a74")#设置色条颜色
upset(fromList(data),nsets=6,sets.bar.color = setbarcolor,
      queries = list(list(query = intersects,params = list("A","B","C"),
                          color="Red",active = T)),
      text.scale = c(1.5,3,2,1.5,2,2),mb.ratio = c(0.70,0.30),
      point.size = 3,line.size = 1)

结果展示

参数

nsets: 最多展示多少个集合数据。毕竟原来有20多种电影类型，放不完的

nintersects: 展示多少交集。

mb.ratio：控制上方条形图以及下方点图的比例。

order.by: 交集如何排序。这里先根据freq，然后根据degree

decreasing：变量如何排序。这里表示freq降序，degree升序

keep.order:  keep.order按照sets参数的顺序排序

number.angles: 调整柱形图上数字角度

point.size , line.size , #点和线的大小

text_scale ,图上各部分文字大小

main.bar.color = "#2a83a2", #柱状图颜色

sets.bar.color = "#3b7960"#横向柱状图颜色

为了更好的理解text_scale表示的部分，借用其他人的一幅图，如下：

参数介绍