scRNA-seq: 对于高表达两种或以上细胞类型marker细

2023-07-03  本文已影响0人  LET149

有些cluster会高表达两种或以上细胞类型的marker, 造成很难对这个cluster进行CellTyping的情况发生,这时应采取一些方法解决这些问题

1. 通过去除Doublet软件去除

这种表达多种细胞类型marker的细胞,很可能是Doublet,可以尝试使用一些软件去除Doublet,这些细胞有可能是在这些Doublet

2. 采取一些标准去除这些细胞

可以采用nFeature_RNAnCount_RNA这些标准来去除一些处于极端条件的细胞

3. 把这些细胞与其旁边的cluster合并

当有证据证明这些cluster和其旁边的某个cluster更相似时,可以将这些cluster进行合并

上一篇 下一篇

猜你喜欢

热点阅读