fastp数据过滤

2021-08-16  本文已影响0人  胡童远

github:https://github.com/OpenGene/fastp#all-options

fastp一些功能:

下载,安装:

# note: the fastp version in bioconda may be not the latest
conda install -c bioconda fastp

使用:

# single end
fastp -i in.fq -o out.fq
# paired end
fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz

结果报告:

http://opengene.org/fastp/fastp.html

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