DoRothEA||推断单细胞的TF活性

2020-10-31 本文已影响0人生信编程日常

DoRothEA是一种包含转录因子（TF）与其靶标相互作用的基因集资源。一个TF及其对应靶点的集合被定义为调节子（regulons）。DoRothEA regulons 收集了不同类型的证据，例如文献，ChIP-seq peaks，TF结合位点基序以及从基因表达推断相互作用等。

image.png

DoRothEA regulon可以与几种统计方法结合使用，从而产生一种功能分析工具，以从基因表达数据推断TF活性。通过不考虑TF本身的基因表达，而是考虑其直接转录靶标的mRNA水平来计算活性。