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[数据库] Disease Ontology (DO)数据库学习

2020-07-22  本文已影响0人  村长吃火锅

官网链接: Disease Ontology

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PMC链接:DO

官网玩耍记录:

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设计的很简单明了,如上图所示,可以自由检索,可以按navigate栏导航浏览。
下图是一个DO的说明情况,里面包含了这个DO属于哪种类型,相关的链接,包括wiki的、MeSH的...按图中所示的visualize键可以看该DO与其父、子类的关系图。

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关系图说明:红色的为你研究的DO,is_a是不是和GO之前见过的很像? 绿色表示该类型存在父节点或子节点,可点击扩展;灰色表示叶节点,黄色的圆圈数字代表存在几个父节点或子节点,没有详细列出。

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当然,这个DO也像GO一样提供obo下载的。

用DOSE和ClusterProfiler包做DO 富集分析

参考资料:
DOSE Manual
R之DOSE

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite('pathview')
biocLite('Rgraphviz')
biocLite('clusterProfiler')
biocLite('org.Hs.eg.db')
biocLite('DOSE')
library('DOSE')

# data get and ID convert
data(geneList, package="DOSE")
gene <- names(geneList)[abs(geneList) >2 ]
gene.df <- bitr(gene,fromType = 'ENTREZID',toType = c('ENSEMBL','SYMBOL'),OrgDb = org.Hs.eg.db)

# enrichDO analysis
yy <- enrichDO(gene=gene,
                        ont='DO',pvalue=0.05,
                        universe = names(geneList),
                        minGSSize =5,
                        readable = FALSE)

# setReadable for converting entrez ID to symbols
x <- setReadable(yy, 'org.Hs.eg.db')
head(summary(x))

# visualize
barplot(yy)
dotplot(yy)
cnetplot(yy,categorySize="pvalue",foldChange = geneList)

最后一条命令可以出关系图,如下,蜘蛛网biubiu

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作者:happyxhz
链接:https://www.jianshu.com/p/28dcf7a0b2ec
来源:简书
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