TCGAbiolinks数据下载miRNA失败

TCGAbiolinks数据下载miRNA失败

image.png

新建一个文件夹00_data_read_in_one_file用于存放所有的文件

image.png image.png

设置工作目录到00_data_read_in_one_file文件夹内，查看文件数目

image.png

在使用gdcRNAtools 时会有一个这样的命令，就是

####### Filter duplicated samples in miRNAs metadata #######

metaMatrix_filter_dupli <- gdcFilterDuplicate(metaMatrix.MIR)

是因为下面的情况存在

zai

gdcRNAtools 下载metadata总是报错,和网络有很大关系

####### Parse RNAseq metadata #######

metaMatrix.RNA <- gdcParseMetadata(project.id = 'TCGA-BRCA',
                                   data.type  = 'RNAseq', 
                                   write.meta = FALSE)

image.png