多个Sanger测序结果和多序列比对结果的可视化
写在前面
转眼五一假期就要结束。事实上，在每一个假期，我总是有一些想做的事情，比如完成某个分析任务？或者是写一个不错的工具。今次假期比较特殊，我似乎变得愿意安排出时间陪伴本应多陪伴的人。当然，这也是TBtools早期开发的目的之一。
节省可以节省的时间，用于陪伴家人。
虽然说是陪伴，主要还是在家宅着，看了几部电影，吃了罗锅，大量水果，大量肉食...。从某个角度来说，这种休假方式，确实是比较舒适。Anyway，我一样安排了时间做一些数据分析的工作。但毕竟是假期，我的习惯可能还是make something。于是，花了大半天的时间，在TBtools中，增加了两个功能。
批量查看Sanger测序峰值图（.ab1）
做分子实验的朋友，可能才会明白这个功能存在的意义。十年前（...大一...我确实有点老了），我入学并随后进去了华南农大何业华教授的课题组学习（也是我的硕士导师）。我接触的第一个分子实验，即是克隆一个基因。但凡克隆，就要测序。对于每个克隆，公司往往会返回两个文件：
- .ab1 文件，即测序峰值图（下机数据，信息全面）
- .seq或.txt 文件， 即baseCalling之后的序列（只对可信位点取峰值最好的碱基），丢失了信息，也可能出现错误Calling，但实用
往往，我们克隆并送质粒到公司做Sanger测序时，我们总会对同一个克隆片段，送几个样品与公司。一方面，Sanger测序时部分碱基也会测不准，多送几个样品，可以相互验证；另一方面，我们需要考虑SNP存在的可能...
于是，我们会同时对同一个片段，收到数个.ab1文件。
对于这些.ab1文件，存在很多工具可以直接查看，如bioedit，DNAman？但很多时候，似乎他们只支持一次展示一个样品。而我们需要的可能是同时真实四个样品，以人工查看某些位点/SNP的可靠性（我当然知道有软件可以做到，我只是看看这个功能是不是很难写，结果似乎不是）。
使用这个功能比较简单，首先是打开这个功能
将.ab1文件直接拖拽或通过摁钮选择并放入其中(这里用两个文件做示例)
点击Start，即可看到这个图
Emm...是的，我并没有将多序列比对应用进去...感觉似乎麻烦。
所以此时，应该是键盘摁住Ctrl键，鼠标拖拽SubPanel，使其对其
别忘了，鼠标滚轮可以放大缩小图片
OK，发现一个测序错误？还是？总之多了两个AA，而且应该是比较可靠
总的来说，似乎有用...尤其是当你不止有一个克隆的情况下。或者是，你需要一张图，去说服其他人，这确实有个SNP....
快速可视化多序列比对结果
很久之前，我已经将Muscle打包到TBtools中，那会只是顺便。没想到在后续我有数次还是用上了。总的来说，体验一般。主要原因是，没有可视化结果，那么其实即使比对出来，也不容易做数据观测。
于是我加了一个自动展示多序列比对结果的功能。
首先是打开这个Wrapper
随后是设置用于多序列比对的序列（可以是文件，也可以是文本区域；输出也是一样支持两种）
简单实用以上的序列作为输入
可以同时看到图片，如果你还记得这两个AA
但，事实上，这个功能更适合序列较多的情况，如
写在后面
写工具，终归是消遣时间。睡觉。
题外
课题组每年暑期有内部生信入门培训，主要是对实验室新生开展（以及湿实验为主的成员）培训。一直有收到其他课题组想要了解我们课题组生信数据分析的想法。故，在博导的提议和课题组的讨论后，我们近期计划，在本年度暑期（7~8月份之间）对外增设生信基础培训名额10枚（前面每年只是课题组内培训，而不对外）。具体请见https://mp.weixin.qq.com/s/OtmeTErd9f9rvjJPtBKjMw
欢迎访问本课题组网站
园艺植物小分子RNA与基因组研究-夏瑞课题组
