NAR | dbCAN-PUL: 实验确认的CAZyme基因cl

文献信息：

标题：dbCAN-PUL: a database of experimentally characterized CAZyme gene clusters and their substrates
中文：实验确认的CAZyme基因cluster和底物数据库
杂志：NAR
时间：2021

摘要：

多糖利用位点(PULs)是由酶(碳水化合物活性酶)和其他基因组成的离散基因簇，共同作用于碳水化合物底物消化和利用。虽然在拟杆菌门(Bacteroidetes)中已经广泛发现了PULs，但在其他细菌门、古细菌和宏基因组中也存在PULs，这些PULs仍有待编目到数据库中以便有效检索。我们开发了一个在线数据库dbCAN-PUL (http://bcb.unl.edu/dbCAN_PUL/)来显示实验验证的含有cazyme的脉冲，这些脉冲来自相关的元数据、序列和注释文献。与其他在线CAZyme和PUL资源相比，dbCAN-PUL具有以下新特点:(1)通过靶底物、种/基因组、属或实验表征方法批量下载PUL数据;为每个普尔(ii)注释显示关联的元数据,如基质(s),实验表征方法(s)和蛋白质序列信息,(3)外部链接注释页CAZymes (CAZy)转运蛋白(UniProt)和其他基因,(iv)显示基因库同源基因簇的序列通过集成MultiGeneBlast工具(v)集成BLASTX服务供用户查询序列对普尔dbCAN-PUL蛋白质。有了这些特性，dbCAN-PUL将成为CAZyme和PUL研究的重要存储库，补充我们的其他web服务器和数据库(dbCAN2, dbCAN-seq)。

数据地址：http://bcb.unl.edu/dbcan_pul/Webserver/static/DBCAN-PUL/

官网：http://bcb.unl.edu/dbCAN_PUL/

底物利用分布：

细菌中的分布：

实验数据来源分布：