1：在线构建RAxML树

1. CIPRES网站：

CIPRES Science Gateway V3.3：https://www.phylo.org/portal2/home.action#

上传数据，新建任务

2. 上传数据，选择RAXML tools

选择工具

3. 设置参数

设置booystrap次数，选择快速bootstrap分析选项-f a

2： 本地构建RAxML法

首先安装Linux版本RAxML

$ raxmlHPC ­-f a ­-x 12345 ­-p 12345 ­-# 100 ­-m PROTGAMMALGX ­-s example.phy ­-n ex -T 20

并行化软件支持，能最快速计算。并行化20个任务，每个任务使用8线程，能使用全部160线程计算资源：

$ /opt/sysoft/mpich2-1.5/bin/mpirun -np 20 raxmlHPC ­-f a ­-x 12345 ­-p 12345 ­-# 100 ­-m PROTGAMMALGX ­-s ex.phy ­-n ex -T 8

参数解读：

RAxML 的参数非常多，设置非常复杂，上述常用例子的参数为：

-f a

此参数用于选择 RAxML 运算的算法。可以设定的值非常之多。 a 表示执行快速 Bootstrap 分析并搜索最佳得分的 ML 树。

-x 12345

指定一个 int 数作为随机种子，以启用快速 Bootstrap 算法。

-p 12345

指定一个随机数作为 parsimony inferences 的种子。

-# 100

指定 bootstrap 的次数。

-m PROTGAMMALGX

指定核苷酸或氨基酸替代模型。PROTGAMMALGX 的解释： "PROT" 表示氨基酸替代模型； GAMMA 表示使用 GAMMA 模型； X 表示使用最大似然法估计碱基频率。

-s ex.phy

指定输入文件。phy 格式的多序列比对结果。软件包中包含一个程序来将 fasta 格式转换为 phy 格式。

-n ex

输出文件的后缀为 .ex 。

-T 20

指定多线程运行的 CPUs 。

3. RAxML结果文件说明：

RAxML_bootstrap.ex： 完整的全部bootstrapped trees

RAxML_bestTree.ex ：最佳得分 ML 树

RAxML_bipartitions.ex  ：有 bootstrap 分值支持的最佳得分树，分值在 node 上。

RAxML_bipartionsBranchLabels.ex ：  有 bootstrap 分值支持的最佳得分树, 分值在 branch 上。FigTree不能识别此文件。

说明：

-f a: tell RAxML to conduct a rapid Bootstrap analysis and search for the best-scoring ML tree in one single program run. Example: raxmlHPC-f a-s alg -x 12345 -# 100 -m GTRCAT -n TEST.

f b: when this is specified RAxML will draw the bipartitions using a bunch of topologies (typically bootstrapped trees) specified with -z (see below) onto a single tree topology specified by -t (typically the best-scoring ML tree). Example: raxmlHPC -f b -t ref -z trees -m GTRCAT -s alg -n TEST.

If you use -f a the tree file name RAxML_bipartions.[run_name] will be the best tree with bootstraps. For the f -b approach you first need to estimate a an optimal tree.

4. 查看Tree

Figtree:使用Figtree查看RAxML_bipartions.ex 文件，可显示最佳得分树的bootstrap信息。

MEGA:  使用MEGA软件可得到压缩树condensed tree，打开RAxML_bipartions.ex或者RAxML_bipartionsBranchLabels.ex 显示设定bootstrap阈值的condensed tree。

部分转载自：使用 RAxML 构建进化树:http://www.chenlianfu.com/?p=2225

更多参数可参考：https://www.yuque.com/wusheng/gw7a9p/mcc73y