β多样性

β多样性：指沿环境梯度不同生境群落之间物种组成的相异性，也被称为生境间的多样性（between-habitat diversity），是对不同样品的微生物群落的构成进行比较。不同群落或样本之间的物种组成相似性越低，β多样性越大。我们可以通过计算样本间距离，获得β多样性指数。

• 基于丰富度，jaccard
• 基于丰度， Bray-Curtis
• 基于进化关系，UniFrac

jaccard距离

只考虑物种丰富度差异，两个群落间各自特有的物种占总物种数的比例

Bray-Curtis距离

同时考虑丰富度和丰度信息

Cij: 表示两个样本间每一种物种的较少个体数的总和
Si和Sj: 分别表示i样本和j样本个体总数

uni-frac距离

对于系统发生树所有枝,考查其指向的叶节点是否只存于同一个群落,那些叶节点只存在于同一群落的枝的枝长和,占整个树的枝长和的比例, 定义为UniFrac距离。相当于被单个群落占据的进化历史的相对比例。

β多样性分析参考脚本

Rscript  beta.R  S.biom  sample.txt  S.beta

# beta.R
## 转换相对丰度
dat1 <- transform_sample_counts(dat, function(x){x/sum(x)})

## bray curtis距离
datDist <- phyloseq::distance(dat1, method = "bray")
datDist <- as.matrix(datDist)
write.table(datDist,
            file=paste(outpre, "dist-braycurtis.table" , sep=".") ,
            sep = "\t", row.names = T, quote = F)

## adonis
dat1T <- as.data.frame(t(otu_table(dat1)))
cond <- sample[rownames(dat1T),1]

adonis_out <- adonis2(dat1T ~ cond, permutations = 999, method="bray")
adonis_out <- adonis_out[1,]

输出结果
S.beta.dist-braycurtis.table 距离矩阵
S.beta.NMDS.pdf NMDS-plot
S.beta.NMDS.table NMDS表格
S.beta.PCA.pdf PCA-plot
S.beta.PCA.table PCA表格
S.beta.PCoA.pdf PCoA-plot
S.beta.PCoA.table PCoA表格

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