Qiime1-15.一键打包所有分析：Core Diversit

在之前我们已经介绍了Alpha、Beta、物种分类、差异性等一系列的分析，本节我们要介绍一个命令，打包了之前所有的分析内容。

core_diversity_analysis.py这个脚本包含了我们之前介绍的所有分析，比如Alpha、Beta、物种分类、差异性等。这个流程的大部分分析都是默认设置，就像是所以不能帮助你解决回答一些具体的特别的问题。你可以通过设置参数文件让这个命令更加贴合你的目的，帮助你更好的分析你的数据。
命令如下：

core_diversity_analyses.py \
 -i otu_table.biom \
 -o core_output \
 -m mapping_file.txt \
 -c SampleType,Year \
 -t rep_set.tre \
 -e 1000 \
 --recover_from_failure

最后会生成许多的文件，其中有一个.html文件展示所有的数据结果。

参数 Parameters

--categories | -c
采取的分类类别，多个分类之间用逗号隔开。比如：Treatment,Timepoint,Sex

--sampling_depth | -e
确定稀疏表的抽样深度，产生的稀疏表将用于下游分析。

--recover_from_failure
如果遇到文件夹，则保持命令运行的选项。