用pysam处理bam数据

是用pip下载的pysam，为了做index文件用brew install下载了samtools。

import pysam 

读取bam文件如下。

n1 = pysam.AlignmentFile('./atac_bam/scN1.pe.q10.sort.rmdup.bam', "rb")

为了能够读取特定位置的read，用samtools做index文件。

samtools index scN1.pe.q10.sort.rmdup.bam

然后用fetch的方法读取行。fetch返回的是一个迭代器(iterator),可以迭代读取内容。
fetch的API如下：
fetch(self, reference=None, start=None, end=None, region=None, tid=None, until_eof=False, multiple_iterators=False)

for read in n1.fetch('chr6'):
     print read
n1.close()