基因组注释②：conda的安装及使用（以RepeatMasker
conda的安装
本意是想安装RepeatMasker，而安装RepeatMasker又需要TRF、rmblast，但是单独对其进行安装总是失败。用conda安装则免去这些麻烦，所以进行了conda的安装。
conda分为anaconda和miniconda。
minicoda 是只有conda基础功能的软件，相当于毛坯房。anaconda 除了 minicoda 功能外，加入了大量常用的包，相当于精装房。
一开始我安装了miniconda，但是一步步安装到最后总是出错，卸载重装好几次也不行。于是试验了安装anaconda，结果成功了。
这两种工具的安装步骤都是一样的，只是最开始下载的文件不一样而已。下面以anaconda为例，进行conda的安装。
1. 首先，打开链接地址，将anaconda下载到本地，之后拖入WinSCP中，链接地址如下：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh
或者直接在Linux系统中输入wget -c的命令。
miniconda的下载地址为：
https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2. 从这里开始都是在Linux系统中输入的命令，这一步是进行安装操作：
bash Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh
安装的时候遇见选项就选yes，遇到more就一路空格直到显示完全给到下一个选项为止。
3. 查看是否安装成功，如果安装没问题会显示conda版本号：
conda --version
4. 进行anaconda的激活。
找到刚才安装的anaconda，如果没有更改过安装位置的话应该是在/home下面，cd到anaconda3的bin目录下面，能看到有一个activate。
chmod 777 activate #给activate添加一下权限才能使用
. ./activate # 启动conda，进入conda环境中
当命令行前面出现(base)的时候说明现在已经在conda的环境中了。
图是借的网图
5. 再验证一下conda是否安装成功：
conda list
如若出现图中类似的结果，则说明安装成功
6. 配置镜像 / 换源：
安装conda就相当于买了一台电视机，但是有电视了不意味着你就能看节目了，你要手动添加频道才能看你想看的电视节目。
conda是电视机，channel是源。我们搜索想要下载的软件，就是在这些源中进行搜索。conda自带的默认的源无法满足我们的需求，因此要对它的源进行替换 / 增加。一般来说4个清华源足够满足我们的软件下载需求。
conda config --set show_channel_urls yes
vim ~/.condarc
之后按键盘的 i 进入编辑界面，将原有的文本删去，替换成以下内容，按键盘左上角的Esc键进行保存，:wq 退出编辑界面（:wq无论光标在哪里都可以输入）：
channels:
- defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
pytorch-lts: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
直观界面
此处详见参考教程：
Conda 安装使用图文详解（2022版）_白墨石的博客-CSDN博客_conda安装
1、RNAseq (1) 生信分析软件安装—conda的安装与使用 - 简书
https://blog.csdn.net/u013203733/article/details/107175122?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522164993967516781683990506%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334..%2522%257D&request_id=164993967516781683990506&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~top_positive~default-1-107175122.142^v8^pc_search_result_control_group,157^v4^new_style&utm_term=conda%E5%AE%89%E8%A3%85&spm=1018.2226.3001.4187
conda的使用：利用conda安装生物信息软件
① 以RepeatMasker软件为例，进入conda环境中后，先搜索想安装的软件：
conda search RepeatMasker
就会得到以下结果：
在源中能搜索到的软件结果
② 进行安装：
conda install RepeatMasker
使用conda最方便的地方在于，它会帮你把这个软件运行所需的前置环境全都自动下载好。比如RepeatMasker，安装它还需要TRF、rmblast，那么只要你进行了conda install RepeatMasker的命令，TRF、rmblast这些软件都会在下载RepeatMasker的过程中一并下载好。
再不需要你自己去进行TRF、rmblast等的下载了！
所需的环境一并下载好了
③ 查看RepeatMasker软件安装在哪儿了：
which RepeatMasker
conda的其余命令：
conda remove RepeatMasker #卸载软件
conda deactivate #退出conda环境
其余的命令可以参照中间给出的参考教程链接。
