使用TEsorter对转座子分类
2022-08-02 本文已影响0人
王梓维
#安装TEsorter和seqkit
conda install -c bioconda tesorter seqkit
#经笔者测试TEsorter貌似只对LTR分类较好,对DNA转座子分类比较一般,从转座子库中提取LTR和未分类的TE
cat AST.fa.mod.EDTA.TElib.fa | seqkit grep --by-name --use-regexp --ignore-case --pattern Unknown --pattern LTR > AST.LTRandUnknown.fa
#除了LTR和未分类的TE,剩下的另存为一个文件
cat AST.fa.mod.EDTA.TElib.fa | seqkit grep -v --by-name --use-regexp --ignore-case --pattern Unknown --pattern LTR > AST.other.fa
#分类
TEsorter -db rexdb-plant -p 10 AST.LTRandUnknown.fa
