002-Linux安装conda
Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。
1. 用wget命令下载
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
当出现下载失败，需要 --no--check--certificate 参数时，我们需要添加上该参数
wget -O 你要保存的地址和文件名 --no-check-certificate https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
例如：
wget -O ./miniconda.sh --no-check-certificate https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2 .安装命令
chmod 777 miniconda.sh #给执行权限
bash miniconda.sh #运行
注意:以前的教程都是教一路yes下来的，但是会有隐患，特别是当你的服务器之前有安装过软件的话，conda会污染你原来的环境，把你原来设置好的东西进行更改。
所以在询问是否将conda加入环境变量的时候选择no。
3.启动conda
conda
在上一步选择no之后，输入conda是会报找不到此命令的。那要如何启动呢？
找到你刚才安装的miniconda，如果没有更改过安装位置的话应该是在/home下面，cd到miniconda3的bin目录下面，能看到有一个activate。
这里需要给activate添加一下权限才能使用
接下来启动conda
. ./activate #这里的第一个点跟source是一样的效果，我比较懒。
当命令行前面出现(base)的时候说明现在已经在conda的环境中了。这时候输入conda list 命令就有反应了
4.添加镜像/频道 (镜像就是我们下载文件的仓库)
这里添加的是清华大学的源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
显示安装的频道
conda config --set show_channel_urls yes
查看已经添加的channels
conda config --get channels
已添加的channel在哪里查看
vim ~/.condarc
5.用conda安装软件
安装命令：
conda install gatk
安装完成后，可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置：
which gatk
如需要安装特定的版本:
conda install 软件名=版本号
conda install gatk=3.7
这时conda会先卸载已安装版本，然后重新安装指定版本。
查看已安装软件:
conda list
更新指定软件:
conda update gatk
卸载指定软件:
conda remove gatk
退出conda环境
退出也很简单，之前我们是. ./activate 或者 (. ~/miniconda3/bin/activate)现在退出只要:
. ./deactivate
# 或者用
conda deactivate
6.创建conda环境
之前创建的时候显示的是（base）这是conda的基本环境，有些软件依赖的是python2的版本，当你还是使用你的base的时候你的base里的python会被自动降级，有可能会引发别的软件的报错，所以，可以给一些特别的软件一些特别的关照，比如创建一个单独的环境。
在conda环境下，输入conda env list（或者输入conda info --envs也是一样滴）查看当前存在的环境：
conda env list
# 常用命令，建议记一记
目前只有一个base
conda create -n new_env python=2
# -n: 设置新的环境的名字
# python=2 指定新环境的python的版本，非必须参数
# 这里也可以用一个-y参数，可以直接跳过安装的确认过程。
conda会创建一个新的new_env的环境，并且会很温馨的提示你只要输入conda activate new_env就可以启动这个环境了
conda activate new_env
退出环境
conda deactivate
删除环境
conda remove -n myenv --all
就可以退出当前环境。
掌握了创建和删除我们就可以实现重命名的操作了
重命名环境
实际上conda并没有提供这样的功能，但是可以曲线救国，原理是先克隆一个原来的环境，命名成想要的名字，再把原来的环境删掉即可
参考自：conda 创建/删除/重命名 环境
接下来演示把一个原来叫做py2的环境重新命名成python2：
conda create -n python2 --clone py2
conda remove -n py2 --all
参考致谢：
作者：卖萌哥
链接：https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d
