文献积累（3）甲基化-eRNA-mRNA

Aberrant enhancer hypomethylation contributes to hepatic carcinogenesis through global transcriptional reprogramming

Methyl-binding DNA capture sequencing (MBDCap-seq)
33 pairs of HCC tumors and matched non-tumor tissues
区域内DNA甲基化程度

区域富集功能 WebTools开发
5' 3' enhancer SE Atac ...
Encode 基因组15种区域分类
隐马模型 segment

全基因组甲基化测序(BS-seq)WGBS
单碱基CPG位点甲基化测序

FANTOM5 存储了enhancer和靶基因
找到enhancer区域里面的差异甲基化位点并且个数>10个定义为差异enhancer区域，把所有甲基化探针和靶基因做相关
CAGE是短序列标签

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Enhancer 定义条件
H3K4me1/H3K4me3 越高证明存在enhancer
H3K27ac信号存在 说明enhancer有活性

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形成loop 图片.png

好看的图
diffTools

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