Linux环境下的软件安装

“Linux的应用商店”-conda，可以安装90%以上的生信软件。今天我们主要学习了Miniconda的安装以及配置，同时还学习了用它来安装和卸载软件。

Miniconda的安装：

在谷歌浏览器上搜索Miniconda 清华，进入

Miniconda.png

选择最新版本的安装包，右键复制链接后在服务器中打开
输入cd ~/biosoft 查看昨天新建的biosoft目录
wget 右键粘贴下载链接

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh

出现如下提示时进行下一步操作

bash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh 

出现此页面即为安装成功

.png

激活conda：

source ~/.bashrc

添加镜像我直接复制了花花老师的代码，来自“生信星球”

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

conda的使用

1）查看服务器上安装的软件列表

conda list

2）安装软件，以fastqc为例

conda install fastqc -y 

3)使用help命令查看是否安装成功

fastqc --help

4)卸载：

conda remove fastqc -y

今日手残党输入网址导致命令不执行，不得不感叹tab键补齐真是个好东西