生物信息学从零开始学菜🐣日记——走R包数据科学与R语言

『Bilibili生信人应该这样学R语言』STEP BY STE

2019-06-07  本文已影响3人  美式永不加糖

终于整理好了


P1 介绍R语言及Rstudio编辑器

P2 R语言基础变量讲解

P3 外部数据导入导出

comment.char='',' ' 后的内容不读取

> b=read.table('GSE17215_series_matrix.txt.gz',sep = '\t',comment.char='!',header = T)

P4 中级变量操作

P5 热图

给 tmp 加上列名,画图

> row.names(tmp)=colnames(b)
> pheatmap(b,annotation_col = tmp)

P6 选取差异明显的基因的表达量矩阵绘制热图

P7 ID转换

数据准备:Ensembl gene ID (似乎需要科学上网)

P8 任意基因任意癌症表达量分组的生存分析

P9 任意基因任意癌症表达量和临床形状关联

P10 表达矩阵的样本的相关性

P11 芯片表达矩阵下游分析

P12 RNA-Seq 表达矩阵差异分析


最后,向大家隆重推荐生信技能树的一系列干货!

  1. 生信技能树全球公益巡讲:https://mp.weixin.qq.com/s/E9ykuIbc-2Ja9HOY0bn_6g
  2. B站公益74小时生信工程师教学视频合辑:https://mp.weixin.qq.com/s/IyFK7l_WBAiUgqQi8O7Hxw
  3. 招学徒:https://mp.weixin.qq.com/s/KgbilzXnFjbKKunuw7NVfw
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