全国巡讲陪读档案--conda软件下载

仅适用于全国巡讲学员服务器。

conda镜像链接http://mirrors.ustc.edu.cn/help/anaconda.html

https://www.jianshu.com/p/369f6caae865

1.下载conda安装脚本

wget -c https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-4.5.12-Linux-x86_64.sh

2.然后运行他

bash Miniconda2-4.5.12-Linux-x86_64.sh

一直回车，到这里输入yes

注意后面有个文是否添加到环境变量要选yes,错过就重来

3.重新激活环境变量

source ~/.bashrc 

4.输入conda--help，出现一大片文字（帮助文档）说明成功，出现一行报错说明挂了。

conda --help

成功是这样

如果失败了，要

rm - r miniconda2
bash Miniconda2-4.5.12-Linux-x86_64.sh

5. 添加镜像链接

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

查看是否添加成功：

cat ~/.condarc 

成功的话显示结果如下：

6.新建conda环境

conda create -n rna python=2
#有提示就选y

安装出现的一大片文字，最后有几行提示比较有用,是在告诉你如何激活和退出环境

#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate rna
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate

查看是否新建环境成功：

conda info --envs
#base                     /trainee2/vip66/miniconda2
#rna                   *  /trainee2/vip66/miniconda2/envs/rna
#

列出了存在哪些环境，其中带星号的是当前所在的环境，base是大环境。

7.激活环境

⚠️⚠️注意安装软件前先激活环境！！！

conda activate rna

激活成功的标志是：命令行开头有个（rna），这里的rna指的是环境的名字

8.安装软件

需要安装的软件如下：
bwa
gatk4
sra-tools
fastqc
trim-galore
star
hisat2
bowtie2
subread
htseq
multiqc
samtools
运行：

conda activate rna
conda install -y bwa gatk4 sra-tools fastqc trim-galore cutadapt star hisat2 bowtie2 subread htseq multiqc samtools

在下载了，等着
安装完，提示了三个蛋

重点： 如何查看是否安装成功

检查的命令如下：

#1.检查sra-tools
prefetch --help
fastq-dump --help
#2.检查bwa
bwa
#3.检查gatk4
gatk
#注意：如果报错，需要安装gatk4
#4.检查fastqc
fastqc --help
#5.检查 trim_galore
trim_galore --help
#如果报错，运行#conda install -y trim_galore cutadapt
#6.检查star
STAR --help
#7.检查hisat2
hisat2 -h
# 等同于hisat2 --help
bowtie2 --help
#8.检查subread
featureCounts
#9.检查htseq
htseq-count --help
#10.检查multiqc
multiqc --help
#11.检查samtools
samtools

退出环境

conda deactivate