数据准备

https://zhuanlan.zhihu.com/p/467150143

分析工具

CELLET

以GWAS 数据和cell-type expression specificity estimates（ES）数据为输入，可选择使用LDSC和MAGMA模型，得到细胞类型与疾病的关系。
https://github.com/perslab/CELLECT/wiki/CELLECT-MAGMA-Tutorial
https://github.com/perslab/CELLECT/wiki/CELLECT-LDSC-Tutorial

安装

https://github.com/perslab/CELLECT/tree/master

git clone --recurse-submodules https://github.com/perslab/CELLECT.git
conda install -c bioconda -c conda-forge snakemake">=5.27.4"
conda install -c conda-forge mamba
mamba create -c conda-forge -c bioconda -n snakemake snakemake

分析

CELLECT-LDSC

snakemake --use-conda -j -s cellect-ldsc.snakefile --configfile config.yml

CELLECT-MAGMA:

snakemake --use-conda -j 4 -s cellect-magma.snakefile --configfile config.yml

结果