48- 基因组预测的基础(2) - GBLUP 和G矩阵
2022-06-22 本文已影响0人
Hello育种
GBLUP 来自SNP-BLUP
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VanRaden's G
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所以GBLUP为（出现在大约2009年）：
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多性状的GBLUP
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可靠性
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GREML, G-Gibbs
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GBLUP 等于 SNP-BLUP
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其中的blending和tuning作用
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其中tuning
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其中的Metafounders方法是目前较好的一种方法
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tuning 平均值：
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tuning 方差：
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Tuning平均值和方差同时（Blupf90默认设置）：
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Blending
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应该先tuning，再blending
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确定新的Metafounder
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单一Metafounder
应该将A调整为适合G：
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Metafounder的关系
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但是什么是基因组genomic（加性）关系？
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系谱关系矩阵- A
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基因组矩阵-G
来自VanRaden(2007, Interbull)
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gene content的协方差（看为一个性状）
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pi的使用
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G的一些特性
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注意两个个体之间的关系为负值时，是可能存在的（不能设为0）
负值这意味着个人 i 和 j 比数据中的平均个人对更远
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一个真实例子：
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IBS在marker之间的关系
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IBS和IBD
标记处的 IBS (𝐺𝐼𝐵𝑆𝑖𝑗) 是真实IBD（Rij） 的常用估计量
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我们应该使用哪种等位基因频率？
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