NCBI线下blastn-short比对
2020-03-25 本文已影响0人
嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀
- ncbi的BLAST比我想象中的要强大，用普通blastn貌似不能将basepire数小于50的序列比对到基因组。像我，想将一些15bp的序列比对到基因组上做统计。其实BLAST+中有一些针对小于30bp序列比对(blast-short)的设定参数。
| 选项 | 类型 | 默认值 | 功能 |
|---|---|---|---|
| word_size | integer | 7 | Length of initial exact match. |
| gapopen | integer | 5 | Cost to open a gap. |
| gapextend | integer | 2 | Cost to extend a gap. |
| reward | integer | 1 | Reward for a nucleotide match. |
| penalty | integer | -3 | Penalty for a nucleotide mismatch. |
