corrplot展示m6a甲基化基因表达相关性
2021-09-06 本文已影响0人
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我相信大家在看m6a甲基化相关的文章的时候应该会经常看到下面这样的相关性图。就是m6a甲基化相关基因两两之间表达的相关性。
今天小编就带大家来重现这张图。我们这里还是使用
这篇文章里面得到的CHOL（胆管癌）中16个m6a甲基化相关基因的表达矩阵来举例。具体如何得到m6a甲基化相关基因的表达矩阵也可以参考☞m6a甲基化相关基因boxplot并显示p值
#读取m6a甲基化相关基因表达谱
m6a_expr=read.table("m6a_expr_with_type.txt",header=T,row.names=1,sep="\t")
#去除最后一列样本类型
m6a_expr=m6a_expr[,1:16]
#安装corrplot包
BiocManager::install("corrplot")
#加载corrplot包
library(corrplot)
#计算相关性矩阵
M <- cor(m6a_expr)
#绘制相关性图
corrplot(M,
method = "circle", #圆圈显示
addCoef.col="black" #相关系数用黑色显示
)
这是用默认参数得到的一张图，跟文章中看到的那张图还是差挺远的。
1）文章中是斜三角展示的，不是矩形
2）颜色尺度文中是由蓝到红，不是由红到蓝
3）文章中横轴和纵轴的标签颜色是黑色，不是红色
4）文章中相关系数字体有大有小，貌似是跟相关系数成正比的。
进过进一步的修改我们可以得到如下图片，这个就跟文章中的图片很像了。
完整代码参考下文
