本周最新文献速递2021-01-31
本周最新文献速递
一
文献题目： Integrating human brain proteomes with genome-wide association data implicates new proteins in Alzheimer's disease pathogenesis
不想看英文题目： 整合人脑蛋白质组与全基因组关联数据，揭示阿尔茨海默氏病新蛋白质
杂志和影响因子： Nat Genet（27.603 1区 ）
研究意义： 全基因组关联分析（GWAS）鉴定了多个阿尔茨海默氏病（AD）风险位点，但这些位点是如何影响AD仍不清楚。通过整合人脑蛋白质组与全基因组关联数据，为AD的发病机理提供新见解。
结论：
1）整合AD GWAS结果（n=455,258）与376个人脑蛋白质组进行蛋白质组关联分析（PWAS），发现13个基因的蛋白质水平与AD相关；
2）13个基因中，10个基因在重复队列被验证出来；
3）使用COLOC和SMR进行共定位分析，13个基因中，9个基因进一步被证实与AD相关；
4）结合共定位分析和重复队列的结果，9个基因中，5个基因 (CTSH, DOC2A, ICA1L, LACTB 和 SNX32)在重复队列中被重复出来；
5）对 AD（n = 63,926），肌萎缩性侧索硬化（n = 80,610），帕金森病（n = 1,474,097），神经质（n = 390,278），身高（n = 693,529），体重指数（n = 681,275）和腰臀比（n = 694,649）进行PWAS分析，发现AD PWAS与AD GWAS重合度最高，说明AD PWAS结果具有特异性
文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33510477/
DOI: 10.1038/s41588-020-00773-z
公开的资料：
pQTL：https://doi.org/10.7303/syn23627957
二
文献题目： Dysregulation of the NRG1-ERBB pathway causes a developmental disorder with gastrointestinal dysmotility in humans
不想看英文题目： NRG1-ERBB通路失调引起人类胃肠道运动能紊乱相关的发育障碍
杂志和影响因子： J Clin Invest（11.864 1区）
研究意义： 先天性巨结肠症(HSCR)为常见的肠神经系统发育异常疾病，活产发生率为1/5000。慢性假性肠梗阻(CIPO)的发生率较低，按照发病来源可分为肌源性和神经源性。CIPO具有遗传异质性，通常由平滑肌特异性突变基因引起。本文通过研究一系列胃肠道运动能紊乱发育障碍相关疾病，探究其潜在的分子机制。
结论：
1）外显子测序表明双突变ERBB3/ERBB2主要与HSCR、CIPO、周围神经性疾病和关节软化有关；
2）肠道组织学检查观察到神经节和肠平滑肌异常；
3）此外，单细胞RNA测序数据进一步揭示ERBB3在肠祖细胞的重要作用；
4）RT-qPCR显示ERBB3/ERBB2突变表现为基因表达水平降低或受体磷酸化发生改变；
5）总结：ERBB3或ERBB2的失调会引起广泛的发育异常，包括胃肠道运动能紊乱相关的发育障碍；
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文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33497358/
doi: 10.1172/JCI145837
三
文献题目： Exploiting the GTEx resources to decipher the mechanisms at GWAS loci
不想看英文题目： 利用GTEx资源揭示GWAS位点的机制
杂志和影响因子： Genome Biol（10.806 1区 ）
研究意义： 从转录组层面揭示全基因组关联研究发现的基因座潜在的规律。
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结论：
- GTEx：49个组织、70例全基因组测序数据（WGS）、87个研究、23,268个蛋白质编码基因和lncRNA；
2）GWAS数据集：纳入了74种不同复杂特征，包括心脏代谢、血液学、神经系统疾病和人体测量学等；
3）整合GTEx和GWAS数据，观察到复杂性状相关位点主要为eQTL和sQTL，表明在复杂性状相关位点参与基因的表达和剪接调控；
4）eQTL和sQTL位点对复杂性状呈现剂量依赖性效应；
5）通过enloc和PrediXcan方法整合共定位和关联分析结果，发现47％的GWAS基因座调控基因表达；
6）比较enloc、PrediXcan、SMR三种方法，显示PrediXcan和enloc均表现出较好的灵敏度和特异性；
文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33499903/
10.1186/s13059-020-02252-4
公开的资料：
