miRNA-target序列比对结果展示
相信很多小伙伴在看miRNA相关的paper中都看到过如下图所示的miRNA成熟体序列和靶基因的序列比对结果。
![](https://img.haomeiwen.com/i24747866/a86ff1f1c2711c92.jpg)
那么这样的比对结果是怎么来的呢?我们知道很多miRNA-target之间的结合都是根据序列互补配对预测出来的,因此每一个结合位点都应该能得到一个类似于上图的比对结果。
前面小编也给大家介绍过miRNA与靶基因结合的几种方式,具体可以参考前面的文章
☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-TargetScan篇
![](https://img.haomeiwen.com/i24747866/e1a23c1555b75609.jpg)
其实这张示意图,就是miRNA-target序列比对结果示意图了。接下来小编给大家演示一下,怎么从公共数据库中获取这些序列比对的信息。
1.miRNA-mRNA
我们使用Targetscan这个数据库来获取miRNA-mRNA之间的序列比对图。
1.1 打开Targetscan数据库网站http://www.targetscan.org/vert_72/输入要查找的miRNA或者基因名字。关于这个数据库的详细视频介绍可以参考
☞miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测
![](https://img.haomeiwen.com/i24747866/6589c8bb3db17df8.jpg)
1.2 找到感兴趣的基因,点击Sites in UTR
![](https://img.haomeiwen.com/i24747866/0f8c17f3c2f68e05.jpg)
1.3 截图保存,miRNA-target序列比对信息
![](https://img.haomeiwen.com/i24747866/2463229a54defe51.jpg)
2.miRNA-lnRNA我们使用ENCORI这个数据库来获取miRNA-lncRNA之间的序列比对图。ENCORI这个数据库我们前面已经做过了很详细的介绍☞RNA相互作用神器——ENCORI☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇☞R下载合并ENCORI RBP(RNA binding protein)靶基因数据☞miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测
2.1 打开ENCORI数据库,选择miRNA-lncRNA
![](https://img.haomeiwen.com/i24747866/d963b6002b6e3d5c.jpg)
2.2 输入感兴趣的miRNA的名字,点击搜索。就可以得到miRNA-lncRNA之间的序列比对图了。
![](https://img.haomeiwen.com/i24747866/a5c7e2ccf2fca229.jpg)
3.miRNA-circRNA我们同样使用ENCORI这个数据库来获取miRNA-circRNA之间的序列比对图。
3.1 打开ENCORI数据库,选择miRNA-circRNA
![](https://img.haomeiwen.com/i24747866/e1573bc41bbde59a.jpg)
3.2 输入感兴趣的miRNA的名字,点击搜索。就可以得到miRNA-circRNA之间的序列比对图了
![](https://img.haomeiwen.com/i24747866/b0ab924e340d30af.jpg)