思路清奇SCI:01.mRNA疫苗+免疫分型（IF：15.3分）

2021-03-21 本文已影响0人高大石头

题目：Identification of tumor antigens and immune subtypes of pancreatic adenocarcinoma for mRNA vaccine development（PMID:33648511）
胰腺癌mRNA疫苗和免疫分型

免疫分型表明肿瘤本身及肿瘤微环境的免疫状态，对肿瘤的治疗反应、免疫接种的潜力密切相关。

目的

在TCGA数据库中，
（1）根据|log2FC|>1&q values<0.01共获得了2459个过表达的基因；
（2）根据cBioprotal数据库，获得8850个突变基因；

Fig 1

（3）过表达基因和突变基因取交集，做预后分析，得到926个过表达且突变的基因，其中21个与OS相关，这21个中7个和RFS相关。

Fig 2
（4）上述7个基因中，有1个跟较好的预后有关，予以排除，剩余6个候选基因，在TIMER中分析6个基因与免疫细胞浸润的关系。

FIg 3

mRNA疫苗不是对所有的患者都有效，因此筛选可能对mRNA疫苗有反应的患者进行治疗非常有必要，而免疫分型能够很好的反应患者可能的治疗反应。
（1）基于1997个免疫基因，采用一致性聚类方法，将ICGC的胰腺癌病人分为5个亚型。

Fig 4

2.1 临床特征与免疫亚型
5个不同的亚型的预后差异具有统计学意义，且跟临床stage和grade密切相关（Fig 4），在TCGA总可以得出同样的结论。
2.2 突变状态与免疫亚型
免疫亚型4和5的肿瘤负荷突变（TMB）,突变基因数，总体突变情况都有显著差异。

Fig 5
2.3 免疫调节因子与免疫亚型
免疫检查点（ICPs）和免疫原性细胞死亡（ICD）在肿瘤免疫中作用非常重要，分析结果表明免疫分型可以反映ICPs和ICD的表达水平，可以作为mRNA疫苗的潜在治疗的生物标志物。

Fig 6

2.4 生物标记物与免疫亚型
CA125和CA199是胰腺癌的预后和诊断依据，免疫亚型与这两个生物标志物比较在预测预后方面有很大优势。

Fig 7
2.5 免疫细胞浸润与免疫亚型
对mRNA疫苗的反应取决于肿瘤的免疫状态，
（1）ssGSEA分析得到的28中免疫免疫细胞浸润，可以很好的评价免疫亚型的免疫情况。
（2）免疫亚型结果与C1-C6免疫亚型对比

Fig 8
2.6 细胞轨迹分析（没看懂￣□￣｜｜）
根据胰腺癌患者免疫基因的表达谱，构建免疫浸润细胞轨迹。

Fig 9

根据差异分析、基因突变和预后确定了6个候选基因，那么基因本身很重要的也应该考虑在内，采用WGCNA找出核心基因。（个人感觉此处有凑数据的嫌疑）

Fig 10

Fig 11

（1）ADAM9，EFNB2，MET，TMOD3，TPX2和WNT7A是mRNA疫苗的候选基因
（2）免疫分型4和5适合mRNA疫苗接种

（1）免疫分型的周边分析，结合临床特征、突变状态，调节因子，免疫细胞浸润值得借鉴。
（2）免疫细胞浸润谱系分析，新的知识点，加强学习！
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